Das Fußballspielen erlernte er beim SC 1906 München. Mit nicht einmal 20 Jahren spielte Franz für den FC Bayern München und spielte bereits damals mit Sepp Maier und Gerd Müller zusammen, mit denen er in den Folgejahren den deutschen Fußball bestimmte. 1967 konnte er mit dem FC Bayern, den Europapokal der Pokalsieger gewinnen und 1969 erstmals die Deutsche Meisterschaft. In den Folgejahren errang er zahlreiche Titel mit dem FC Bayern. Auf der Liberoposition kurbelte er das Angriffsspiel seines Teams an. Dabei sorgten insbesondere die Doppelpässe mit Gerd Müller immer wieder für Verwirrung in der gegnerischen Abwehr. Zudem öffnete er durch lange Pässe das Spiel, wobei er das Außenrissspiel perfektionierte und zu seinem Markenzeichen wurde.

Im Jahre 1977 wechselte er zu Cosmos New York und wurde dreimal US-amerikanischer Meister. Nach seiner Rückkehr in die Fußball-Bundesliga im Jahre 1980 spielte Beckenbauer beim Hamburger SV. Bevor er seine aktive Laufbahn 1982 beendete, errang Franz Beckenbauer mit dem HSV seinen fünften deutschen Meistertitel. Im Laufe seiner Bundesligakarriere absolvierte Beckenbauer 424 Bundesliga-Spiele, davon 396 für den FC Bayern München und 28 für den Hamburger SV. Im Sommer des folgenden Jahres ließ er sich noch einmal zu einer letzten Saison bei Cosmos New York als Spieler überreden.